Todos os clientes populares de FTP possuem opções para troca de permissões dos arquivos e pastas.
Normalmente esta opção será encontrada clicando com o botão direito do mouse sobre o item/arquivo.
Verifique o manual de seu cliente FTP para mais informações.
Caso queira reiniciar ou repara as permissões de todos os arquivos e diretórios em sua conta, utilize o ícone"Reparar Permissões de Arquivos":
